污水经处理后，水质达到改善，细菌含量也大幅减少，但存在病原菌的可能。因此为保证公共卫生安全，处理水在排放或回用前，必须进行消毒。污水消毒程度应根据污水性质、排放标准或再生水要求确定。污水宜采用紫外线或二氧化氯消毒，也可用液氯消毒。
二级处理出水的加氯量应根据试验资料或类似运行经验确定。无资料时，二级处理出水可采用6～15 mg/L，再生水的加氯量按卫生学指标和余氯量确定。二氧化氯或氯消毒的接触时间不应小于30 min。
考虑到加氯消毒形成的余氯及某些含氯化合物低浓度时对水生物有毒害;当污水含工业废水比例大时，加氯可能生成致癌物质，最近没有残留的紫外线消毒得到应用。污水消毒主要采用C波段紫外线，波长为200～275 mm，杀菌效果好。目前紫外灯的最大输出功率在波长153.7 nm处。紫外线杀菌的普遍看法是，微生物核酸吸收紫外线后发生突变，引起微生物体内蛋白质核酶的合成障碍，另一方面紫外线照射产生的自由基可引起光电离，从而
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